Среди прекрасных экспонатов, подаренных Музею частными лицами, особенно интересна коллекция драгоценных и поделочных камней (около трехсот образцов), принадлежавшая семье Фаберже. Коллекция была передана Музею Агафоном Карловичем Фаберже (сыном Карла Фаберже) перед его отъездом за границу в 1925 году через академика А.Е.Ферсмана, бывшего тогда директором Музея. В это время они вместе работали в Комиссии по описанию ценностей царского двора.

Коллекция состоит из обработанных драгоценных камней различного достоинства, входивших в личную коллекцию А. К. Фаберже, и поделочных камней (в виде разного рода кабошонов, плоских вставок и пр.), предназначенных, скорее всего, для изделий, выпускавшихся фирмой Фаберже. Конечно, самой интересной является коллекция ограненых ювелирных камней. В нее входит уникальное по разнообразию цвета (желтые, оранжевые, фиолетовые) собрание крупных ограненных топазов из Бразилии, а также великолепные аквамарины, фенакиты, хризобериллы и александриты Урала, звездчатые сапфиры, опалы, аметисты и другие ограненные камни из различных месторождений.