Основные черты этого периода - высокая духовность, глубокий интерес к жизни и культуре аборигенного населения, просветительство. Музей в это время несет на себе очевидный отпечаток личности основателя - отца Иринарха, в миру Ивана Семеновича Шемановского.

Отец Иринарх приехал в волостное село Обдорск Березовского уезда в 1897 году в качестве настоятеля Обдорской православной миссии с целью «улучшения постановки миссионерского дела» и прожил в нем до 1910 года, оставив по себе долгую и добрую память.

Отец Иринарх полагал, что достичь успехов в миссионерском деле можно только путем благотворительности и установления доверительных контактов с местным населением. Для этого в 1904 году им при Обдорской миссии было создано Братство во имя святителя Гурия, архиепископа Казанского и Свияжского чудотворца, а при нем - библиотека, в которой к 1910 году было уже 5000 томов, и музей – «Хранилище коллекций по этнографии инородцев Тобольского Севера», в котором к 1909 году было собрано около 250 экспонатов.

Библиотека и музей разместились в бывшем доме купца В.А. Оленева, завещавшего часть своих построек Обдорской миссии. И в дальнейшем пожертвования горожан давали возможность музею и библиотеке существовать и пополнять свои фонды, заниматься просвещением и краеведением, принимать ученых и путешественников. За первые десять лет существования библиотеки и музея их посетили такие исследователи, как финский ученый К.Ф. Карьялайнен - автор трудов по религии обских угров; антрополог С.И. Руденко, путешественник и писатель К.Д. Носилов, геолог О.О. Баклунд, исследователь Ямала, профессор Московского университета Б.М. Житков.  Подаренное Б.М. Житковым музею чучело белого медвежонка до сих пор хранится в фондах МВК. После отъезда о. Иринарха в Тверь в 1910 г. Братство пригласило обдорянина П.А. Первова, который стал консерватором, а фактически, первым светским директором музея. Он приводил в порядок фонды, давал возможность горожанам и приезжим не только осматривать экспонаты, но и работать с ними. Вход в музей в то время был бесплатным, как и работа самого консерватора. В середине 20-х годов в Обдорске при музее действует краеведческий кружок. Его участники, среди которых политссыльный Д.Д. Редриков, имевший открытый лист на право производства археологических работ и отсылавший свои отчеты в Кунсткамеру, собирают древние артефакты, обследуют памятники, расположенные в черте города и за его пределами, обсуждают проблемы происхождения местных археологических культур. Но это последний мощный всплеск краеведческого движения, задавленного вскоре машиной ГУЛАГа.