Среди задач нового отдела стояло и археологическое изучение края. До второй половины 20-х гг. XX века основным каналом поступления археологических предметов в музей была доставка отдельных случайных находок частными лицами. Отсутствие профессионалов и любителей-археологов в составе Отдела и в музее, было также причиной отсутствия научной археологической экспозиции. Однако, в этот период происходит открытие краеведами археологических памятников, материалы которых станут началом формирования собственно научных коллекций археологии в фондах музея. Такими памятниками стали - Омская стоянка (многослойный памятник, мезолит - бронзовый век), открытая в 1918 г. С.А.Ковлером; Екатерининская стоянка (энеолит), открытая в 1923 г. П.Л. Дравертом.
В 1926-1929 гг. в музее работала В.П.Левашова - профессиональный археолог, выпускница исторического факультета МГУ. Ею были открыты, обследованы и частично раскопаны десятки археологических памятников, преимущественно эпохи раннего железного века. Деятельность В.П.Левашовой принесла огромную научную пользу при формировании и археологических коллекций музея. После 1929 г. эта работа резко сошла на нет.