В состав основного фонда музея входит 31-а этнографическая коллекция. Из них наиболее полные о культуре коренных народов Западной Сибири и Алтая: хантов, сибирских татар, казахов, шорцев, а также предметы хозяйственного и бытового назначения русских и немцев. Заложены основы и ведется работа по сбору и изучению коллекций белорусов и украинцев.

В целом этнографическое собрание насчитывает более 7.000 единиц хранения. Сбор предметов ведется с момента образования музея в 1878 году. Первые коллекции собирались в ходе экспедиций членов ЗСОИРГО в Центральной Азии, Северо-Западном Китае (1877-1878 гг.) у тибетцев и китайцев, в районах Горного и Центрального Алтая (1897-1900 гг.) у шорцев и алтайцев, в Змеиногорском уезде Томской губернии (1898-1915 гг.) у русских старообрядцев, в Березовском округе Тобольской губернии и районе Обской губы (1878-1938 гг.) у хантов и эвенков. Коллекция Казахи составлена из многочисленных и значительных, с научной точки зрения, предметов, полученных музеем в дар из канцелярии Степного генерал-губернатора в период с 1880 по 1915 годы, а также в ходе экспедиций сотрудников музея в 1926 и 1927 годах. К сожалению, часть коллекций народов Дальнего Востока и Сибири была утрачена в годы гражданской войны. Значительное пополнение этнографических коллекций приходится на 2-ю половину ХХ века.
В настоящее время в коллекции Русские представлены предметы хозяйственной деятельности и быта жителей 31 района Омской области.
Коллекция Немцы была сформирована в период с 1993 по 1996 годы и охватывает все районы расселения немцев на территории Омской области