Находки из исследований памятников археологии на территории Калининградской области, проведенные БАЭ, служат основой для экспозиции Археология. Древности Янтарного края в залах КОИХМ по периодам с V по XII в.в. В июле 2001 г. совместно с БАЭ, сотрудники КОИХМ работали на раскопках скандинавского поселения Кораленберг на территории Национального парка Куршская коса. Кроме того, в октябре 2001 г., совместно с БАЭ и при финансовой поддержке журнала Шпигель (Германия ) производились исследования руин Королевского замка Кенигсберга. В составе Балтийской экспедиции с 1996 г. работает Неолитический отряд (руководитель Зальцман Э.Б.). Базовым памятником для изучения является поздненеолитическое поселение Прибрежное у п. Прибрежное г. Калининграда. В ходе археологических раскопок на площади 554 м2 выявлены заглубленные в землю жилые постройки, хозяйственные ямы и др. объекты. Обнаруженные жилища, площадью до 20 м2 , столбовой конструкции, располагались в шахматном порядке. Поселение оказалось одним из самых крупных в Прибалтике и было основано индо - европейцами около 4 тысяч лет назад. На территории поселения найдены развалы керамических сосудов, значительная часть которых украшена орнаментом в виде оттисков шнура шнуровой орнамент , каменные топоры, терочные камни, украшения из янтаря. Результаты раскопок позволяют говорить об открытии поселения новой культурной группы, возникшей в эпоху позднего неолита. После научной обработки и реставрации, лучшие находки собранные в процессе экспедиций дополняют разделы музейной экспозиции Археология. Древности Янтарного края где доступны изучению специалистами. По материалам раскопок ежегодно публикуются научные статьи в журналах и тематических сборниках, как в России, так и за рубежом.